Dans le contexte de la purification de l'eau, l'anolyte est utilisé comme agent désinfectant pour éliminer les micro-organismes pathogènes tels que les bactéries, les virus et les protozoaires. L'anolyte agit en détruisant les membranes cellulaires des micro-organismes et en interférant avec leurs processus métaboliques, ce qui entraîne leur mort.
L'efficacité de l'anolyte comme désinfectant dépend de plusieurs facteurs, notamment sa concentration, son pH et la durée de contact avec les micro-organismes cibles. Des études ont montré que l'anolyte peut être aussi efficace, voire plus efficace, que les agents de désinfection traditionnels tels que le chlore, tout en étant moins nocif pour l'environnement.